یک دانشمند می دانم یک خال کوبی بر روی بازوی خود را از یک طرح از داروین نوت بوک. Spidery خطوط شعاعی به بیرون از مرکز و انشعاب و تقسیم دوباره و دوباره با پایان دادن به برچسب ها: A, B, C, D. نمودار ساده است اما ایده این است که عمیق: یک درخت زندگی با خطوط تبار که اتصال شما و من به همه چیز که زندگی می کند و همیشه زندگی بر روی زمین است.
اگر من مجبور به انتخاب یک تصویر نشان می دهد که چگونه زیست شناسان تکاملی مثل خودم فکر می کنم در مورد آنچه که ما انجام انتخاب من خواهد بود. تکاملی درختان روایت از تاریخ نوشته شده در کد ژنتیکی سوابق خانوادگی دودمان است که کشش به گذشته های دور. برای هر کسی که می داند که چگونه به نگاه به گذشته و حال و ممکن است قراردادهای جدید coronavirus را می توان در سیر تکاملی خود را درخت. ما در حال کشف درخت در حال حاضر ذره ذره و با کمک از فن آوری های جدید است که آن را ارزان تر و سریعتر به توالی ژنوم ویروسی, ما در حال خواندن این ویروس را از درخت سریع تر از ما در هر گونه بیماری قبل از. حال سؤال این است: آیا ما می توانیم جزئیات آن را به اندازه کافی سریع برای ایجاد یک تفاوت که ما نژاد برای محدود کردن ویروس گسترش یابد ؟
در اولین روز از اپیدمی این ویروس تکاملی درخت در اشاره به جدی بودن مشکل ما روبرو خواهد بود. در ژانویه 10, ده روز پس از جهان برای اولین بار شنیده ام در مورد خوشه مرموز سینه در ووهان اولین ژنوم توالی از شیوع گفت: ما چیزی مهم: ویروس مسئول جدید بود به نوع بشر است. علائم آن شبیه به کسانی که از آنفلوانزا و سرماخوردگی و ویروس است که در coronavirus خانواده به عنوان نام COVID-19 نشان می دهد. اما این ویروس آلوده نیست انسان قبل از, که بدان معنی است که ما را محدود به دفاع ایمنی بدن برای جلوگیری از گسترش آن.
دوم مهم پیدا کردن آمد و به زودی پس از. گزارش های اولیه از سازمان بهداشت جهانی پیشنهاد کرده بود که این ویروس تا به حال شروع به پریدن کرد و چندین بار از آن میزبان حیوانات به انسان, با محدود فرد-به-فرد گسترش یافته است. اما بیشتر ژنوم ویروسی و تعيين توالی شد, در اواسط ماه ژانویه خود تکاملی درخت گفت یک داستان متفاوت است. زمانی که محققان در مقایسه ژنوم از COVID-19 شیوع به coronaviruses موجود در خفاش pangolins و حیوانات دیگر آنها دریافتند که این ویروس از شیوع خوشه محکم در یک شاخه از درخت های اخیر فرزندان از یک سرريز رویداد در ماه نوامبر یا دسامبر. ما هنوز هم نمی دانم منشاء این سرريز رویداد. اما همانطور که ما اکنون می دانیم که بیش از حد خوب داستان درخت گفت درست بود: ویروس جدید گسترش می یابد به راحتی از فردی به فرد.
در اواخر ماه ژانویه یک مرد پرواز از ووهان به واشنگتن و بیمار تبدیل شده مورد COVID-19 در ایالات متحده است. برای هفته بعد از آن ما آموخته از موارد مشابه مواردی است که در آن ویروس در خارج از کشور به دست آورد که به نظر می رسید در آن زمان به شاخه جدا شود. که تغییر در پایان ماه فوریه زمانی که محققان در سیاتل شناسایی یک بیمار که COVID-19 بدون سفر به خارج از کشور و یا دانستن کسی که انجام داد. (چند تن از کسانی که محققان در حال همکاران من و مربیان و این مقاله تساوی به شدت از کار خود را, به خصوص که از virologist ترور بدفورد.)
ژنوم واشنگتن موارد گفته تکان دهنده داستان: ویروس ها از ووهان مسافر و جامعه-انتقال مورد خوشه با هم در خود شاخه ای از coronavirus درخت دوم ویروس از نوادگان مستقیم برای اولین بار. سه جهش بوجود آمده بود در طول زنجیره انتقال به تشخیص این دو ویروس کنه در یک, ژنتیک, ساعت مارک وقت است که سپری شده. ویروسی در ژنوم نشان داد که پس از coronavirus رسیده ایالت واشنگتن در اواخر ماه ژانویه این رشد به خود شاخه ای از درخت, پخش كردن سکوت را از طریق شهرستان برای هفته ها. بر اساس مرموز انتقال آشکار از درخت تکاملی محققان تخمین زده می شود که این ویروس ممکن است آلوده و پانصد تا شش صد نفر در ایالت واشنگتن در اوایل ماه مارس تا کنون بیش از هجده موارد گزارش شده در زمان.
در این ماه از ما آموخته است که ویروس پخش شد در سیاتل coronavirus درخت رشد انفجاری آن نکات تقسیم و انشعاب به عنوان ویروس همچنان در حال گسترش است. در ایالت واشنگتن نزدیک به پنج هزار مورد جدید تشخیص داده شد در ماه مارس بسیاری از آنها فرزندان اول واشنگتن مورد. این شاخه رشد کرده است به اندازه کافی ضخیم برای دانه خود را شیوع است. ما در بر داشت فرزندان خود را در نیویورک و کالیفرنیا, کانکتیکات, مینه سوتا و ویسکانسین برخی از چند متحده به انتشار ویروسی در ژنوم توالی تا کنون. واشنگتن شعبه نیز برانگیخته خوشه از موارد به عنوان دور به عنوان ایسلند و استرالیا عهد ما به هم پیوسته جهان است. (به عنوان هر یک از این شاخه به گسترش آنها را توسعه داده اند متفاوت جهش های معمولی در نتیجه اشتباهات در تکثیر ویروس. تا کنون هیچ شواهدی وجود ندارد که این جهش تغییر دهید که چگونه این ویروس مردم است.)
در سراسر بقیه coronavirus درخت شاخه در سراسر جهان با سهولت. در ایالات متحده درخت نشان می دهد که coronavirus عبور از مرزهای ما و گسترش چندین بار. سیاتل شیوع سوخت توسط چند شاخه مجزا شواهد که ویروس گرفته مسیرهای چندگانه از ووهان به واشنگتن است. اکثر موارد توالی از عظیم شهر نیویورک شیوع متعلق به یک شعبه که نزدیک ترین بستگان است که در اروپا و نه در چین نشان می دهد که این ویروس در عبور از اقیانوس اطلس به جای اقیانوس آرام برای رسیدن به سواحل شرق. در سراسر ایالات متحده این ویروس همچنان ادامه دارد و به تکرار در سراسر کشور در سرپیچی از چهل تکه محدودیت های مطرح به آن را متوقف کند.
در ابولا و Zika شیوع بیماری از چند سال گذشته تکاملی درختان نشان داد که ویروس الگوهای گسترش در سراسر جهان است اما گاهی اوقات تا نه ماه یا سال بعد از شیوع بیماری آغاز شد. جدید کروناویروس گسترش یافته است به مراتب سریع تر اما با سرعت از علم با سرعت بالا به عنوان به خوبی. بین ماه های ژانویه و اوایل ماه آوریل بیش از بیست و پنج صد COVID-19 ژنوم منتشر شد, ساخت این امکان را برای پیگیری که چگونه این ویروس گسترش یافته و تکامل یافته و تقریبا در زمان واقعی است.
این پیشرفت بالا بردن وسوسه انگیزی که امکان آگاهی از ویروسی تکامل می توانید تغییر این دوره از این بیماری همه گیر. آن را ممکن است در حال حاضر ساخته شده است یک تفاوت در سیاتل که در آن توالی ژنوم از دو شناخته شده واشنگتن موارد هشدار محققان به هفته سکوت ویروسی گسترش بینش غیر ممکن است از تست مثبت تنهایی. آن بود در بخشی از این سرنخ در مورد بزرگتر خبر شیوع بیماری است که باعث سریع اجتماعی-فاصله اقدامات قبل از نتایج آزمون شروع به گرفتن.
در حال حاضر در این دوره از افراطی های اجتماعی فاصله یک اولویت عمده برای پیاده سازی گسترده تست تشخیصی به یاد بگیرند که چگونه به سرعت این ویروس در حال گسترش است. در نهایت گسترش و تست تماس با ردیابی ممکن است به ما بگویید که چه کسی باید در خانه بمانند و کسانی که ممکن است با خیال راحت بازگشت به کار اجازه دادن به اقتصاد را راه اندازی مجدد. اما در مورد سیاتل نقاط سوی یک آینده دور که در آن روال توالی ژنوم نیز می تواند راهنمای ما بهداشت عمومی پاسخ. روزی توالی ژنوم ممکن است به ما کمک کند کشف کردن که انتقال این ویروس به آنها. آن را ممکن است ما میآموزد که چگونه اغلب گسترش ویروس از طریق تماس نزدیک, به عنوان مخالف به عبور برخورد. و یک بار اجتماعی فاصله اجازه می دهد تا گسترش آزمایش های تشخیصی زوج با توالی ژنوم می تواند هشدار ما را به این ویروس به احتمال زیاد resurgences.